1985年，随着合作民族师专筹备小组的成立，合作民族师专党委（校长）办公室随之成立。1994年后党委（校长）办公室开始合署办公。现任党委（校长）办公室主任敏贤麟。现有工作人员15名，其中工勤人员10名。合作民族师专党委（校长）办公室下设文秘科、行政科、机要信息科以及文印室、收发室、档案室、小车班等4个具体办事机构。

合作民族师专党委（校长）办公室作为学校党政领导指挥和协调全校工作的枢纽，是学校承上启下、联络左右、沟通内外的窗口部门，担负着参与政务、管理事务、搞好服务的职能。主要承担学校党政领导讲话、政策性文件、重大报告及文件材料的起草修订工作，组织安排学校党政会议和学校层面大型会议，对外联系及接待来宾工作；负责各类外来公文、函件的签收、呈批、传阅、催办、清退及立卷、归档工作，并负责群众来信来访工作；负责党政印信工作，保管使用校印、钢印、校长印件和办公室印件，并负责上报教育统计年报及学校保密工作；协助党委、行政了解掌握党纪、政纪方面的重大问题，起到参谋助手作用及做好党委、行政与各系、各部门之间的协调及决策执行督查和调研工作；并负责信息处理工作，负责上级文件以及主要来信、来电的拟办工作和《合作民族师专信息》的编发工作。